StyleNoteで「上書き保存」を実行しても編集内容が保存されない（変更箇所がプレビュー画面に反映されない）場合、そのファイルが他のアプリケーションによりロックされている可能性があります。
他のアプリでそのファイルを利用して（開いて）いないかご確認下さい。
特に、Windowsエクスプローラーのプレビューが有効な場合（下図, 赤丸のボタンでプレビューを切り替えられます）、エクスプローラー上でファイルアイコンを選択すると直ちにファイルがロックされます。このとき、StyleNoteで上書き保存を行なっても変更が保存されません。選択を解除して頂くとロックが外れます。
他のアプリでファイルが使われている場合はそのアプリを終了したり、そのアプリ内でそのファイルが使われないように対処することで、StyleNote側で保存処理を正常に完了できるようになります。